辐射研究与辐射工艺学报
2024, 42(1): 010301
1 湖南师范大学医学院, 湖南 长沙 410013
2 湖南农业大学生物技术学院, 湖南 长沙 410128
3 长沙商务旅游职业技术学院, 湖南 长沙 410008
为分析不同饲料喂养对黄牛胃中微生物群落结构的影响, 分别用芒草单一喂养和农家混合饲料喂养两年的黄牛为实验组和对照组。以瘤胃、蜂巢胃、重瓣胃和皱胃四个胃中的微生物为研究对象,采用原位包埋裂解法和脉冲场电泳(pulsed field gel electrophoresis, PFGE)提取微生物总DNA, 脉冲场电泳(pulsed field gel electrophoresis, PFGE)。使用细菌16S rRNA引物341F/534R及真菌18S rDNA引物NS1/GCFungi进行降落PCR扩增。变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)对扩增产物进行区分,使用硝酸银染色。电泳扫描结果通过Quantity one软件进行分析, SPSS软件进行数据统计。针对实验组和对照组瘤胃样品共性条带和特性条带测序并比对。结果表明: 实验组与对照组细菌群落结构变化较大, UPGAM聚类图上被分为两支, 相似性只有0.35。且香农多样性指数及条带丰度都明显少于对照组。真菌DGGE图谱条带差别不大, 聚类图上显示实验组四个样品与对照组四个样品相似性在0.43~0.68之间。多样性及条带丰度在实验组与对照组之间差异0.0027~0.5999。测序结果, 细菌与数据库中未培养细菌种类较为接近, 而真菌中部分与已知菌种接近。芒草单一饲养对牛胃中的微生物群落结构具有极大的影响, 对细菌的影响尤为明显。
微生物群落结构 Microbial community structure PCR-DGGE PCR-DGGE PFGE PFGE 16S rRNA 16S rRNA 18S rDNA 18S rDNA
1 福建师范大学,生命科学学院,福建 福州 350107
2 福州市环境监测站, 福建 福州 350011
3 中国科学院水生生物研究所,湖北 武汉 430072
首次从福州市一重要供水水库中分离到一株体型微小的丝状蓝藻,该藻喜粘附在微囊藻胶被内外。为了确定该蓝藻的种类和分类学地位,通过形态特征分析和16S rRNA 序列分析的方法鉴定其种类,并利用激光共聚焦扫描显微镜的荧光光谱以及色素提取物的吸收光谱分析其色素组成。结果表明,该藻株为粘伪鱼腥藻(Pseudanabaena mucicola)(GenBank序列登录号为KR912197),黏伪鱼腥藻不仅含有藻蓝蛋白,同时也含藻红蛋白。此结果为该藻株分类位置的确定提供了有利佐证。
伪鱼腥藻 分离鉴定 激光共聚焦扫描术 Pseudanabaena isolation and identification 16S rRNA 16S rRNA LSCM
1 淮南师范学院生命科学系, 安徽 淮南 232001
2 安徽科技工程学院生物化学工程系, 安徽 芜湖 241000
利用多对引物, 扩增并测定出大黄鱼16S rRNA基因和18S rRNA基因的部分序列, 其长度分别为1 202 bp和1 275 bp, 16S rRNA基因序列的GC含量为46.12 %, 18S rRNA基因的GC含量为53.00 %。将大黄鱼16S rRNA基因序列与GenBank中15种硬骨鱼类的同源序列结合, 同时将其18S rRNA基因序列与GenBank中9种脊索动物的同源序列相结合, 运用软件获得各自序列间差异百分比, 转换和颠换数值等信息。基于这两种基因序列, 利用NJ法和BI法, 分别构建16种硬骨鱼类和10种脊索动物的分子系统树。18S rRNA构建的系统树包括三大支, 一支为哺乳类、鸟类和爬行类共6个物种, 一支为两栖类的1个物种, 另一支为2种硬骨鱼类。16S rRNA构建的系统树显示大黄鱼所在的石首鱼科与鲈科和盖刺鱼科亲缘关系较近。此外还讨论了这两个基因的序列特征。
大黄鱼 16S rRNA 基因 18S rRNA 基因 序列分析 Larimichthys crocea 16S rRNA gene 18S rRNA gene sequence analysis