山西中医药大学中药与食品工程学院, 山西 晋中 030619
分析远志不同生长年份特征化学成分的药效物质累积规律。 采用傅里叶变换红外光谱法对山西汾阳、 新绛12批不同生长年份的远志药材进行红外光谱扫描分析, 建立远志的红外指纹图谱, 并进行共有峰率和变异峰率双指标序列分析。 远志药材特征吸收峰在3 130, 2 920, 1 650, 1 540, 1 400, 1 260和1 050 cm-1存在明显的共有峰, 醇提物特征吸收峰位于3 150~3 000, 2 950~2 920, 2 850, 1 740~1 710, 1 670~1 630, 1 540~1 520, 1 450~1 400, 1 100~1 050, 990和530 cm-1范围内； 远志吸收峰数目随年限增长呈增加趋势, 同一年份远志药材在3 380, 1 315, 1 060和990 cm-1附近, 醇提物在3 360和1 315 cm-1附近吸收峰的数目、 形状和强度存在差异, 秋采远志在此范围内无特征吸收。 药效物质累积量: 汾阳产远志、 新绛产远志在春季采收药效物质累积量较大； 远志有效成分: 前者细叶远志皂苷、 3,6’-二芥子酰基蔗糖、 远志口山酮Ⅲ药效物质累积量随远志生长年限的增长累积增加； 后者3,6’-二芥子酰基蔗糖的累积量呈先上升后下降的趋势, 远志口山酮Ⅲ和部分皂苷类物质随生长年限的延长呈下降趋势。 远志药材共有峰率在66.7%~100%, 变异峰率在0~63.6%, 醇提物共有峰率在66.7%~94.7%, 变异峰率在0~30.0%； 同一年限远志样品共有峰率较高, 春采之间、 秋采之间共有峰率较高； 同一产地远志共有峰率较高, 药效物质累积量随年限增长较为相似, 无明显差异； 其中变异峰率最高的药材序列是(春采)S-2-3: S-2-5(秋采)为63.6%, 二者为不同年限不同季节采收, 药效物质累积量相差较大。 基于红外光谱法和二阶导数结合双指标序列分析法可以分析探究远志不同生长年份有效化学成分的特征峰变化规律和药效物质累积规律, 为远志的种植采收时间、 质量控制和评价提供参考。
远志 红外光谱 二阶导数 双指标序列分析 药效物质累积 Polygala Infrared spectrum Second derivative Dual-index sequence analysis Accumulation of active substances 光谱学与光谱分析
2023, 43(4): 1103
1 新疆医科大学中医学院, 新疆 乌鲁木齐 830054
2 中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所, 北京 100730
3 新疆维吾尔自治区中药民族药研究所, 新疆 乌鲁木齐 830094
罗布麻作为新疆的特色常用药材, 主要用于肝阳眩晕、 心悸失眠、 浮肿尿少以及高血压、 抑郁症的治疗。 为保证临床用药安全稳定, 常用传统的四大鉴别方法和现代的色谱、 波谱技术分析中药材的质量差异。 采用傅里叶变换红外光谱(FTIR)法对收集的17份新疆不同产地罗布麻药材进行分析, 红外光谱扫描范围为4 000~400 cm-1, 二阶导数范围为1 800~600 cm-1, 得到图谱后进行图谱解析; 采用谱带较密集的指纹区(1 800~400 cm-1)计算红外光谱图的相关系数; 然后结合红外光谱吸收峰系统聚类、 共有峰率和变异峰率双指标序列分析法对不同产地罗布麻药材的红外指纹图谱进行分类和异同点比较。 结果表明, 不同产地罗布麻药材红外光谱的峰形、 峰位相似, 在3 336, 2 920, 1 443, 1 375, 1 247, 1 103, 1 070, 833和601 cm-1附近均有吸收, 在1 103, 1 070和1 656~1 609 cm-1处均存在特征宽强峰。 892和717 cm-1处为C振动峰, 并且仅克拉玛依独山子区药材S4和产地相邻的乌苏市甘家湖保护区药材S5出现此吸收峰, 推测与土壤盐碱化程度高有关。 除了S5, 其余16批罗布麻药材的相似系数均大于0.960, 整体相似度较高, 说明不同产地罗布麻药材具有一定的相似性。 经求导, 发现二阶导数光谱的峰形仍具有较大的相似性, 但在1 444~1 738和833~1 030 cm-1范围内峰数明显增加。 采用SPSS 21.0软件以各药材吸收波数为变量进行聚类分析, S9与S14, S2与S10, S3与S8, S12与S13最先聚为一类; 当欧式距离为15时, 可将所有药材样品分为四类, 即在1 615 cm-1处有吸收峰的药材为一类, 在1 646 cm-1处有吸收峰的药材为一类, 1 646和1 615 cm-1处均有吸收峰的药材S1为一类, 在2 962 cm-1处有吸收的药材S5为一类; 当欧式距离为20时, 可将药材分为S5和其他药材两大类。 双指标序列法结果显示, S9:S14, S2:S10, S3:S8和S12:S13序列共有峰率为100%, 罗布麻药材样品总体共有峰率≥61.1%, 变异峰率≤53.8%, 认为未表现出明显的产地差异性。 红外光谱相关系数分析、 聚类分析和双指标序列分析结果相互补充和印证, 说明该方法可靠有效, 可从不同角度分析评价罗布麻药材产地差异, 为保证药材质量的稳定可控提供参考。
罗布麻 傅里叶变换红外光谱 相关系数 聚类 双指标序列 Apocynumvenetum L. Fourier transform infrared spectral fingerprint Correlation coefficient Cluster analysis Double index sequence analysis
对网络流量的精确预测，可以准确把握网络运行趋势，及时防范网络故障。针对长期网络流量预测准确度低，收敛速度慢的问题，提出一种小波系数感知的网络流量预测(WCNTP)机制。借助重标极差(R/S)序列分析法初步评估网络流量在大时间尺度上的统计特性；利用离散小波变换将非平稳的网络流量分解为多个相对平稳的流量序列；利用分数自回归求和滑动(FARIMA)模型对网络流量进行预测。结果表明，所提机制在长期网络流量预测过程中，具有较高的准确度且收敛速度快，能够精确评估网络性能，在保证网络平稳运行的同时，提高网络服务质量。
网络流量预测 R/S序列分析 离散小波变换 分数自回归求和滑动模型 Hurst参数 突发特性 network traffic prediction R/S sequence analysis discrete wavelet transform Fractional Auto-Regressive Integration Moving Aver Hurst parameters burst characteristics 太赫兹科学与电子信息学报
2019, 17(1): 131
1 湖南科技大学生命科学学院, 湖南 湘潭410201
2 中南大学资源加工与生物工程学院, 湖南 长沙410083
根据GenBank 和ICB 数据库中gyrB蛋白氨基酸序列的两个保守区域TPGMYIG和QRY(F)KGLGEM设计简并引物, 以L. ferriphilum菌株YSK基因组DNA为模板, PCR扩增出获得大小约为2.2 kb的DNA片段。序列分析表明, 菌株YSK的扩增片断的开放阅读框(ORF)能够推导出一个编码分子量约为82.24 kD、氨基酸数目为731个的蛋白质片断。这个氨基酸序列与所研究的gyrB蛋白氨基酸序列显示出高度的同源性, 尤其是与菌株AMC_Cont91的gyrB蛋白氨基酸序列的相似性高达92 ％, 而与M. xanthus的gyrB的相似性最低, 仅为37 ％。基于氨基酸序列的同源性及其所预测的蛋白质大小, 可以推断出该扩增片段属于gyrB基因。
嗜铁钩端螺旋菌 gyrB 基因 序列分析 保守区 L. ferriphilum gyrB gene sequence analysis conserved regions
安徽农业大学生命科学学院, 安徽 合肥 230036
HSP70 蛋白是受热等因素刺激后而诱导产生的蛋白质,是热休克蛋白家族中最重要的一员。采用RT-PCR方法克隆了柞蚕(Antheraea pernyi)热休克蛋白70基因(HSP70)的ORF序列(GenBank登录号: GU945199), 该片段的序列长度为1 905 bp。生物信息学分析表明, 该序列共编码634个氨基酸, 预测蛋白的等电点和分子量大小分别为5.62 kD和69.5 kD。具有HSP70的保守性结构特征, 与天蚕(Antheraea yamamai)、家蚕(Bombyx mor)、甘蓝夜蛾(Mamestra brassicae)、棉铃虫(Heliothis viriplaca)、甜菜夜蛾(Spodoptera exigua)、烟草夜蛾(Manduca sexta1)、膜翅目寄生蜂(Cotesia rubecula)的同源性分别为95.7 %、78.5 %、76.1 %、77.3 %、76.6 %、74.7 %、65.9 %。根据它们的一级结构构建了系统进化树, 进一步确立了它们之间的亲缘关系。
柞蚕 热休克蛋白70基因 基因克隆 同源性分析 序列分析 Antheraea pernyi heat shock protein 70 gene gene cloning homology analysis sequence analysis
1 云南省农业科学院药用植物研究所, 云南 昆明650223
2 云南民族大学化学与生物技术学院, 云南 昆明650031
利用共有峰率和变异峰率双指标序列分析法, 采用平均值、 平滑和一次微分处理方法校准和排除干扰, 提高光谱的分辨率, 考察三种极性溶剂提取的滇龙胆样品中各波段稳定性和重现性的变异系数RSD, 计算紫外指纹图谱共有峰率和变异峰率, 对滇龙胆样品间进行定性评价。 结果表明, 滇龙胆在氯仿、 无水乙醇和水三种极性溶剂下分别提取40 min可达到最大提取率, 且稳定性在30 h内变异系数RSD%分别在0.078~0.455, 0.158~0.462, 0.052~0.682之间； 重现性变异系数RSD%分别在0.044~0.753, 0.156~0.288, 0.191~2.413之间。 指纹图谱显示, 滇龙胆不同产区样品间最大共有峰率达67.6%, 最小共有峰率为45.2%, 变异峰率最大为78.9%, 最小为21.7%。 该法可以准确对两个以上中药材样品进行定性评价, 阐明不同产区间的相似程度, 为中药材真伪鉴定和品质评价奠定基础。
滇龙胆 紫外指纹图谱 双指标序列分析法 定性评价 Gentiana rigescens UV fingerprint spectral Dual index sequence analysis method Qualitive evaluation 光谱学与光谱分析
2011, 31(8): 2161
福建农林大学生物农药与化学生物学教育部重点实验室, 福建 福州 350002
根据蜡状芽胞杆菌plcR基因和papR基因序列设计特异引物, 对6个Bt菌株(WB1、WB7、WB9、HD98、8010、8311)及5个Bc菌株(6A1、6A2、6A3、6A4、6S1)进行了PCR检测。结果显示, 3个Bt菌株及4个Bc菌株含有plcR-papR基因。克隆了Bt8010、Bc6A2和6A3的plcR、papR基因, 核苷酸序列分析表明, 三个菌株的plcR、papR基因与NCBI数据库中的Bt、Bc及Ba相应序列都有很高的相似性。Bt8010的plcR基因编码框由846个核苷酸组成, 可编码282个氨基酸; papR基因的编码框由144个核苷酸组成, 可编码48个氨基酸。推导的氨基酸序列分析表明, Bt8010 的PapR有21个氨基酸的信号肽序列, PlcR没有信号肽序列。与Bc6A2、6A3和Bc 569相比, Bt8010 的PlcR和PapR在氨基酸序列上与Bc 相应序列存在相对较大的差异。将plcR-papR基因连接到表达载体pHT304中, 并转化至大肠杆菌JM109中成功进行了表达, 为研究Bt plcR基因的功能奠定了基础。
苏云金杆菌 序列分析 基因表达 Bacillus thuringiensis plcR plcR sequence analysis gene expression
1 厦门出入境检验检疫局, 福建 厦门 361012
2 广西农业科学院植保所, 广西 南宁 530007
3 福建出入境检验检疫局, 福建 福州 350001
利用黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber Green Mottle Mosaic Virus, CGMMV)的特异性引物对来自广西一温室栽培的黄瓜病样进行RT-PCR检测, 结果扩增得到了与预期大小相符的目的片段(650 bp)。序列分析表明, 该目的片段包含有CGMMV完整的CP基因序列、部分运动蛋白基因(MP)及3’端非编码区(3’-UTR)序列, 其中CP基因全长486 bp, 与已报道的CP基因序列同源性为91.2 ％～99.4 %。经系统发育分析, 明确该GX-CS分离物与日本、法国、印度等分离物属于CGMMV同一类群, 并推测该分离物与广西的葫芦(GX-BG)分离物具有相同的起源关系。
黄瓜绿斑驳花叶病毒 序列分析 Cucumber green mottle mosaic virus RT-PCR RT-PCR sequence analysis
1 淮南师范学院生命科学系, 安徽 淮南 232001
2 安徽科技工程学院生物化学工程系, 安徽 芜湖 241000
利用多对引物, 扩增并测定出大黄鱼16S rRNA基因和18S rRNA基因的部分序列, 其长度分别为1 202 bp和1 275 bp, 16S rRNA基因序列的GC含量为46.12 %, 18S rRNA基因的GC含量为53.00 %。将大黄鱼16S rRNA基因序列与GenBank中15种硬骨鱼类的同源序列结合, 同时将其18S rRNA基因序列与GenBank中9种脊索动物的同源序列相结合, 运用软件获得各自序列间差异百分比, 转换和颠换数值等信息。基于这两种基因序列, 利用NJ法和BI法, 分别构建16种硬骨鱼类和10种脊索动物的分子系统树。18S rRNA构建的系统树包括三大支, 一支为哺乳类、鸟类和爬行类共6个物种, 一支为两栖类的1个物种, 另一支为2种硬骨鱼类。16S rRNA构建的系统树显示大黄鱼所在的石首鱼科与鲈科和盖刺鱼科亲缘关系较近。此外还讨论了这两个基因的序列特征。
大黄鱼 16S rRNA 基因 18S rRNA 基因 序列分析 Larimichthys crocea 16S rRNA gene 18S rRNA gene sequence analysis
1 安徽农业大学,生物技术中心,安徽,合肥,230036
2 安徽农业大学,生命科学学院,安徽,合肥,230036
3 安徽农业大学,园艺学院,安徽,合肥,230036
4 安徽农业大学,农业因子实验总场管理中心,安徽,合肥,230036
采用改进的方法提取粘质沙雷氏菌基因组DNA,通过PCR扩增,得到大小为1500 bp特异性DNA片段(chiB基因),以pUC18质粒构建了pUC-chiB克隆载体,转化至感受态细胞E.coli DH5a培养,并筛选出重组质粒.经测序分析,证明克隆片段与文献报道相一致.
几丁质酶 chiB基因 克隆 序列分析 chitinase chiB gene cloning sequence analysis
