1 北京农学院，农产品有害微生物及农残安全检测与控制北京市重点实验室，北京 102206
2 农业农村部农业生态与资源保护总站，北京 100125
3 湖南省长沙生态环境监测中心，长沙 410001
4 中国科学院生态环境研究中心，中国科学院环境生物技术重点实验室，北京 100085
为了获得邻苯二甲酸酯(PAEs)生物降解菌，从农田土壤筛选出一株能够以 PAEs为唯一碳源和能源生长的微生物，命名为 SD2。采用聚合酶链式反应(PCR)扩增得到其 16S rDNA并构建分子系统发育树，可鉴定出其为冢村菌(Tsukamurella)。研究该菌株在不同的温度、 pH值和转速条件下对邻苯二甲酸二丁酯(DBP)的降解情况，同时采用高效液相色谱(HPLC)测定该菌株对 DBP的降解能力。结果表明， SD2对 DBP的最佳降解条件为：温度为 30℃， pH值为 9，转速为 150 r/min。在该最佳条件下， SD2在 72 h内可以完全降解 500 mg/L的 DBP。底物广谱试验表明，该菌能够降解长短链的 PAEs化合物及常见的代谢产物。同时采用气相质谱联用仪(GC-MS)检测发现， DBP在降解的过程中产生了中间代谢产物邻苯二甲酸丁基甲酯和邻苯二甲酸(PA)，预示着该菌具备完全降解 DBP的能力。这是首次关于冢村菌降解 PAEs污染物的报道，能够为 PAEs污染环境的生物降解及修复提供新的微生物资源。
冢村菌 邻苯二甲酸二丁酯 生物降解 有机污染物 Tsukamurella dibutyl phthalate biodegradation 16S rDNA 16S rDNA organic pollutants
1 湖南文理学院, 水产高效健康生产湖南省协同创新中心, 环洞庭水产健康养殖及加工湖南省重点实验室,动物学湖南省高校重点实验室, 湖南 常德 415000
2 湖南文理学院-大湖水殖股份有限公司教育部农科教合作人才培养基地, 湖南 常德 415000
3 淡水鱼类发育生物学国家重点实验室, 湖南 长沙 410081
为了给甲鱼病害防控的合理用药提供技术支持, 本研究自2018年4至5月采集了湖南常德某甲鱼养殖场急性死亡病样, 进行了病原分离、鉴定与药敏分析。试验采用无菌穿刺接种法从濒临死亡的病鳖肝脏中分离出1株病原菌, 命名为HTG。利用血琼脂平板对该病原菌进行毒力检测, 结合形态观察与16S rDNA序列分析法进行鉴定, 采用K-B纸片扩散法对病原菌进行药敏分析。毒力检测显示HTG在血琼脂平板上呈β溶血；16S rDNA序列分析表明HTG与Aeromonas hydrophila strain JCM 1027的16S rDNA基因的核苷酸序列同源, 相似性为100%, 结合形态特征将HTG鉴定为嗜水气单胞菌；药敏分析结果显示HTG对多西环素高度敏感(抑菌圈直径达30 mm)。根据药敏分析结果, 建议该养殖场采用内服多西环素,辅以保肝护肝渔药对该病进行防控。
甲鱼 急性死亡 病原菌 药敏分析 Trionyx sinensis acute death pathogenic bacteria 16S rDNA 16S rDNA drug sensitivity analysis
本研究从镉污染稻田水稻根际土壤中分离、纯化出一株硫酸盐还原菌SRB1-1, 并对该菌株的生理生态特征、镉和盐耐受性、16S rDNA、脱硫性能及影响因子进行了系列分析。结果表明, 该菌为革兰氏阴性菌, 菌体弧状, 对镉离子的耐受浓度可达200 mg/L, 在2 %的氯化钠浓度下仍可生长。对其16S rDNA的序列分析表明该菌株属于脱硫弧菌属(Desulfovibrio)。单因子实验考察温度、pH及SO42-浓度对该菌脱硫效率的影响, 正交实验确定了该菌最佳脱硫工艺条件及影响因子顺序。结果表明最佳脱硫工艺条件为pH 7.5、温度40 ℃、SO42-浓度为1 000 mg/L、培养时间56 h。
硫酸盐还原菌 耐受性 脱硫性能 正交实验 sulfate reducing bacteria 16S rDNA 16S rDNA tolerance desulfurization characteristics orthogonal design
安徽农业大学生命科学学院, 安徽 合肥 230036
从家蚕(Bombyx mori L.)5龄幼虫肠道分离鉴定产淀粉酶细菌菌株以用作微生态制剂的研究, 并对该菌α-淀粉酶基因进行克隆、序列分析及在大肠杆菌中原核表达。通过含淀粉NA培养基筛选分离得到产淀粉酶菌, 通过形态学观察及16S rDNA序列分析鉴定其种属, DNS法测定酶活, 并设计了淀粉酶基因引物进行克隆, 构建了DZ-a号菌淀粉酶基因的原核表达载体, 经酶切鉴定后转化到大肠杆菌Transetta(DE3)中并诱导表达。共分离得到2株产淀粉酶细菌菌株, 将其PCR扩增得到的16S rDNA序列分别与GenBank上已有序列进行比对, 均与芽孢杆菌属蜡样芽孢杆菌Bacillus cereus有99 %的同源性, DZ-a号菌和DZ-h号菌的产酶能力分别为20.5 U/mL和24.2 U/mL。产淀粉酶基因片段测序结果表明两株菌的克隆基因片段长度分别为3 414 bp和3 378 bp, 均包括完整的编码区序列, 可编码586个氨基酸, SDS-PAGE分析得到大小约66 kD的目的蛋白。鉴定该2株菌DZ-a、DZ-h号菌均属于芽孢杆菌属蜡样芽孢杆菌, 克隆测序所得序列为完整的蜡样芽孢杆菌α-淀粉酶基因序列, 并成功表达。为进一步纯化和鉴定目的蛋白及研究其功能奠定了试验基础。
家蚕 肠道细菌 α-淀粉酶 克隆及原核表达 Bombyx mori L. intestines bacteria α-amylase 16S rDNA 16S rDNA cloning and prokaryotic expression
1 湖南中医药大学基础医学院, 湖南 长沙 410007
2 湖南师范大学生命科学学院, 湖南 长沙 410081
利用以量子点(Quantum dot, QD)作为供体、有机荧光染料作为受体的荧光能量共振转移(Fluorescence resonance energy transfer, FRET)体系检测核酸等大分子是一种非常重要的检测手段。本文构建了一种检测金黄色葡萄球菌种特异性16S rDNA的新方法。此方法以羧基修饰的525 nm量子点与氨基修饰的DNA在EDC的作用下通过脱水连接形成QD-DNA复合物作为荧光能量共振转移体系的供体、有机荧光基团ROX修饰的DNA作为荧光能量共振转移体系的受体组成能与金黄色葡萄球菌种特异性16S rDNA杂交的检测探针。当探针与靶序列发生杂交时, 作为供体的525 nm QD与作为受体的ROX之间的距离被缩短至能有效发生荧光能量共振转移的距离之内。此时, 以不能致ROX发光的波长激发量子点发光, 其荧光强度下降, 而ROX的荧光强度上升。在不存在靶序列的情况下, 不会发生这种荧光强度的变化。QD与ROX荧光强度的变化是实现本检测体系快速、简单的重要保证。
量子点 16S rDNA检测 金黄色葡萄球菌 quantum dot 16S rDNA detection staphyloccocus aureus
